• 首页|
  • 要闻|
  • 观重庆|
  • 时事|
  • 理论头条|
  • 渝视频|
  • 经济|
  • 民生热线|
  • 文旅|
  • 专题|
  • APP下载|
  • 重庆日报网 > 正文
    家蚕基因“数字字典”来了!西南大学“数字家蚕”共享分析平台上线
    重庆日报客户端 记者 李志峰 实习生 卜俊丹
    时间:2023-11-22 18:38:18

    11月22日,重庆日报记者从西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室获悉,该实验室代方银教授团队日前上线了“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta),该平台整合了家蚕泛基因组及多组学数据,将具有上千个种质资源的线下实体基因资源库,转化为组学序列线上数据库,实现“数据共享”。

    ▲“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)介绍。西南大学供图

    该研究成果在线发表在生物学领域国际著名期刊《核酸研究》上,题为《SilkMeta:一个家蚕泛基因组和多组学数据共享分析平台》。这也是继2022年该团队发布家蚕超级泛基因组图谱后,推动创建“数字家蚕”取得的又一重大进展。

    ▲西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室家蚕研究。西南大学供图

    代方银介绍,在现代蚕学研究和育种实践中,家蚕泛基因组及多组学数据已经成为科学家手里不可或缺的基础资源,合理使用可以大大缩短研究和育种的时间,显著提高工作效率。但这些数据的分析利用,对一般用户来讲,具有较高的技术壁垒,成本也很高。

    ▲西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室科研团队。西南大学供图

    “我们可以把‘数字家蚕’共享分析平台比喻为一部智能、高效的家蚕基因‘数字字典’或‘超级图书馆’,研究人员能在这里快速获取家蚕基因组相关信息。”实验室博士后陆昆鹏表示,平台整合了家蚕基因组、转录组、变异组、表型组等多组学数据和功能基因研究数据,并提供开展比较基因组和功能基因组等方面研究的分析工具。目前,平台已涵盖丰富的数据内容,包括294种家蚕质量性状基因型特征、546个基因组等,是迄今涵盖数据类型最全、数据量最大的家蚕组学数据库。

    ▲西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室科研人员在采集数据。 西南大学供图

    去年10月,代方银团队完成家蚕大规模种质资源基因组解析,成功绘就世界上首张家蚕超级泛基因组图谱,率先实现了家蚕基因库数字化,创建了“数字家蚕”。此次平台的上线,则代表着西南大学家蚕基因研究已从“技术领跑”转变为“数据共享”,全球科学家都能在该平台获得基因数据,实现种质资源基因组、遗传变异及表型的开放共享和可视化、便利化分析。

    “我们希望通过数据共享,进一步推动家蚕基因研究,让人与自然协调发展。”中国工程院院士、西南大学蚕学与系统生物学研究所所长向仲怀表示。

    主编:李珩 | 编辑:袁文蕙 | 校对:柏云辉 | 审核:马京川
    版权声明:
        凡注明来源重庆日报的作品,版权均属重庆日报所有,未经授权不得转载、摘编或利用其它方式使用上述作品。已经本网授权使用作品的,应在授权范围内使用,并注明“来源:重庆日报网”。违反上述声明者,本网将追究其相关法律责任。
        除来源署名为重庆日报稿件外,其他所转载内容之原创性、真实性、完整性、及时性本站不作任何保证或承诺,请读者仅作参考并自行核实。
    网站首页 | 重报集团 | 关于我们 | 广告业务 | 投稿信箱
    Copyright © 2000-2022 CQNEWS Corporation, All Rights Reserved.
    重庆日报版权所有 未经书面授权 不得复制或建立镜像
    地址:重庆市渝北区同茂大道416号 邮编:401120 广告招商:023-63907707 传真:023-63907104 举报电话:023-63823333 12377
    互联网新闻信息服务许可证编号50120180001 互联网出版许可证号:(署)网出证(渝)字002号 渝ICP备17015920号